Séquençage du génome du phage M13 : des bibliothèques d'affichage à l'analyse des données

Le bactériophage M13, un virus filamenteux, possède un génome d'ADN circulaire simple brin d'environ 6,4 kb. Depuis que Frederick Smith a ouvert la voie à son utilisation pour l'« affichage de phages » dans les années 1980, M13 est devenu une plateforme essentielle dans la recherche et le développement biomédicaux. Cette technologie a considérablement accéléré les progrès dans l'ingénierie des anticorps, la découverte de médicaments peptidiques et la conception de nanotransporteurs. Par conséquent, il est crucial d'obtenir un séquençage précis à la fois du génome natif de M13 et de tout élément génétique inséré. Une telle précision garantit la qualité de la bibliothèque et facilite l'identification des molécules fonctionnelles. Cet article fournira un examen détaillé de M13. construction de bibliothèque de phages et les méthodes d'analyse de données subséquentes.

Structure de base du bactériophage M13 et voie possible d'ingénierie génétique (Moon JS et al., 2019)

Le principe de base de la construction de bibliothèques de phages M13.

Structure de base du système d'affichage du phage M13

1. Structure du génome et modules fonctionnels

Le phage M13 possède un génome d'ADN circulaire simple brin (ssDNA) de 6,4 kb codant 11 gènes (gI-gXI), classés fonctionnellement comme suit :

• Gènes de réplication (gII, gV, gX) : Régulent la réplication et l'emballage de l'ADN phagique.
• Gènes des protéines structurales :
  • gVIII (pVIII) : Code pour la protéine principale de la capside (environ 2700 copies par virion), formant le tube de la capside hélicoïdale.
  • gIII (pIII) : Code une protéine de capside mineure (5 copies par virion) essentielle pour la reconnaissance de l'hôte et l'infection via la liaison aux F-pili bactériens.
• Gènes d'assemblage/sécrétion (gI, gIV, gVI, gVII, gIX) : Médiatisent la sécrétion transmembranaire et l'assemblage des virions.

Représentation schématique de la structure du phage M13 et du mécanisme du système d'affichage (Wang R et al., 2023)

2. Base Moléculaire des Stratégies d'Affichage

La faisabilité de l'affichage dépend de manière critique des contraintes structurelles et du nombre de copies du site de fusion choisi :

• pIII N-terminal : Faible nombre de copies (1-5/phage). Convient pour l'affichage de grandes protéines (par exemple, scFv, Fab), mais nécessite la rétention du domaine C-terminal (CT, y compris NT1/NT2) pour préserver l'infectiosité.
• pVIII N-terminal : Nombre de copies élevé (>2000/phage). Principalement adapté pour des peptides courts et hydrophiles (<10 acides aminés) afin de prévenir la disruption de l'assemblage de la capside.
• pVI C-terminal : Faible nombre de copies (1-5/phage). Permet l'affichage intracellulaire de protéines, nécessitant une sécrétion coordonnée avec pIII.

Ingénierie des vecteurs : Du type sauvage aux systèmes d'affichage efficaces

1. Stratégies de modification des vecteurs

• Suppression du gène sauvage : La suppression partielle ou complète du gène gIII natif (par exemple, gIIIΔ1-406 dans les vecteurs pCOMB3) oblige l'affichage de protéines étrangères fusionnées à la pIII modifiée.
• Stratégie de capsides hybrides (affichage de pVIII) : La rétention de certaines protéines gVIII de type sauvage est nécessaire pour maintenir la stabilité de la capsid lorsque des peptides exogènes sont affichés sur pVIII.
• Système de phagemid :
  • Structure : Combine un squelette de plasmide (origine de réplication, résistance aux antibiotiques) avec l'origine de réplication M13 (f1 ori) et un fragment de gène de protéine d'affichage (par exemple, gIII tronqué).
  • Avantages : Simplifie la construction de bibliothèques par rapport aux génomes de phages complets et améliore considérablement l'efficacité de transformation (permettant des capacités de bibliothèque allant jusqu'à 10¹¹).
  • Vecteurs Représentatifs : pCOMB3 (affichage d'anticorps), pSEX (affichage de peptides), pDISPLAY-BAC (affichage de grands fragments).

2. Rôle critique des phages auxiliaires

Les phages auxiliaires conçus (par exemple, M13KO7, HyperPhage) sont essentiels pour la propagation des phagemides :

• Modifications du génome : Contient un origine de plasmide supplémentaire (par exemple, p15A ori) et un gène de résistance aux antibiotiques (par exemple, kanamycine).
• Défaut fonctionnel : Posséder une mutation ambre dans leur propre gIII gène, nécessitant une propagation dans des souches suppresseurs (supE). Cela garantit un emballage préférentiel de l'ADN de phagemid codant la fusion pIII étrangère.
• Processus de super-infection :
  • E. coli portant le vecteur phagemide sont infectées par le phage auxiliaire.
  • Les protéines des phages auxiliaires facilitent la réplication de l'ADNss des phagemides.
  • L'ADN ssDNA de phagemid nouvellement synthétisé est emballé à l'aide des protéines structurales du phage auxiliaire.
  • Des particules de phages recombinants affichant la protéine étrangère sont libérées.

Optimisation du processus de construction de bibliothèques

Techniques d'insertion de fragments étrangers

• Clonage par restriction : Utilise des sites de restriction rares (par exemple, SfiI, NotI) pour minimiser l'auto-ligation du vecteur.
• Clonage sans couture (par exemple, assemblage de Gibson, Golden Gate) : Améliore l'efficacité pour l'insertion de grands fragments (jusqu'à environ 3 kb).
• Optimisation des codons : Cruciale pour les gènes d'origine mammifère afin d'éviter les problèmes d'expression causés par les codons rares d'E. coli.

2. Assurer la capacité et la diversité de la bibliothèque

• Électrotransformation : Utilise des impulsions à haute tension (>1,8 kV) pour introduire de l'ADN recombinant dans des E. coli électrocompétents, atteignant des rendements élevés (~10¹⁰ UFC/µg d'ADN).
• Contrôle de la diversité :
  • Minimiser le biais de la PCR : utiliser des polymérases à haute fidélité (par exemple, Phusion) et limiter le nombre de cycles d'amplification PCR (<20 cycles).
  • Dépistage en plusieurs étapes : Mettre en œuvre plusieurs rounds d'infection et d'expansion pour atténuer le biais des clones à croissance rapide.

Innovation dans les stratégies de dépistage

1. Panning en phase solution

• Avantage : Réduit la liaison non spécifique associée à l'immobilisation en phase solide.
• Protocole :
  • Incuber la bibliothèque de phages avec la cible biotinylée en solution.
  • Capturez les complexes phages-cibles en utilisant des billes recouvertes de streptavidine.
  • Éluer le phage lié en utilisant un pH bas (par exemple, glycine-HCl, pH 2,2) ou un déplacement compétitif avec un cible soluble.

2. Sélection In Vivo

• Application : Cible des récepteurs spécifiques des tissus (par exemple, des marqueurs de la vascularisation tumorale).
• Protocole : Injecter la bibliothèque de phages dans un modèle animal ; récupérer les particules de phages liées spécifiquement au tissu cible.

3. Criblage microfluidique

• Conception de puce : Intègre des modules pour l'immobilisation de cibles, le contrôle précis des fluides et la capture de phages.
• Avantages : Réduit considérablement la consommation d'échantillons et augmente le débit de dépistage (potentiellement 1000 fois par rapport aux méthodes conventionnelles).

Système d'évaluation de la qualité des bibliothèques

1. Paramètres clés de contrôle de la qualité

• Capacité de la bibliothèque : doit dépasser 10⁹ clones indépendants (évalués par plaquage en dilution).
• Taux d'insertion : doit être >95 % (vérifié par PCR de colonie ou séquençage).
• Diversité : Quantifiée par l'indice de Shannon >8 (déterminé par séquençage profond NGS).
• Taux de vecteur vide : doit être <1 % (évalué par PCR ciblant la délétion gIII).

2. Vérification fonctionnelle

• Activité de liaison : Évaluée par ELISA (phage monoclonal) ou Résonance Plasmonique de Surface (SPR) pour la mesure de l'affinité.
• Efficacité d'affichage :
  • Western Blot : Confirme l'expression de la fusion de la protéine étrangère pIII/pVIII.
  • Microscopie électronique immunologique : visualise directement la densité des protéines affichées à la surface du phage.

Progrès et défis de la frontière

1. Incorporation d'acides aminés non naturels

Utilise des systèmes tRNA/synthétase orthogonaux pour introduire des poignées chimiques bioorthogonales (par exemple, l'azidohomoalanine) dans des protéines affichées, permettant la capture covalente de cibles via la chimie click.

2. Couplage de l'affichage avec l'évolution dirigée

Intègre des gènes codant pour des enzymes mutagènes (par exemple, l'ARN polymérase T7 sujette aux erreurs) dans le génome du phage, créant un cycle continu d'affichage, de mutation et de dépistage.

3. Principaux défis et stratégies d'atténuation

• Goulot d'étranglement de l'affichage de grandes protéines : Résolu en développant des systèmes d'affichage dual (par exemple, affichage coopératif pVIII/pIII).
• Toxicité de l'hôte : Atténuée par l'utilisation de promoteurs inductibles étroitement régulés (par exemple, P_BAD inductible par l'arabinose) pour contrôler l'expression de protéines étrangères toxiques.

Évolution de la technologie de séquençage : Capturer le plan génomique de M13

Séquençage de SangerLa Fondation Gold Standard

Le séquençage de Sanger sert de référence traditionnelle et précise pour l'analyse génétique. Son application dans les bibliothèques de phages M13 se concentre sur la vérification des clones recombinants, en particulier sur la confirmation de l'exactitude et de l'intégralité des séquences étrangères insérées.

Approche de vérification ciblée

La validation initiale de la bibliothèque utilise des amorces spécifiques pour le séquençage de clones recombinants individuels :

• Amorces de départ : Séquences cibles des phages (par exemple, -96gIII s'attachant au gène gIII de M13).
• Amorces inverses : Utilisez des séquences universelles (par exemple, pUC/M13) pour séquencer à travers l'ADN étranger inséré.

Application de validation monoclonale

Cette méthode excelle dans la vérification méticuleuse des insertions de séquences exogènes au niveau d'un seul clone. Bien qu'elle soit relativement peu productive et chronophage, ses longues longueurs de lecture (>800 pb) restent avantageuses pour caractériser avec précision les séquences d'insertion complètes.

Séquençage à haut débit (NGS) : Permettre une analyse panoramique

Essentiels de la préparation de bibliothèque

La préparation des bibliothèques M13 pour le séquençage de nouvelle génération (NGS) implique généralement :

• Extraction de l'ADN simple brin (ssDNA) de phages recombinants, qui sert directement d'entrée pour diverses stratégies de préparation de bibliothèques tout en préservant la diversité.
• Alternativement, en utilisant l'ADN sous forme de réplication double brin (RF) comme point de départ, en particulier pour les analyses nécessitant un contexte génomique plus large.

Il est crucial que des protocoles rigoureux empêchent la contamination par l'ADN de phages de type sauvage afin d'assurer la fiabilité des données.

Stratégie de sélection de plateforme

• Illumina (Lecture courte) : Domine en raison de son rapport coût-efficacité, de son débit élevé et de sa précision (>Q30). Il est idéal pour le contrôle de qualité des bibliothèques à grande échelle (évaluation de la capacité, analyse de la diversité) et le suivi de l'enrichissement des populations clonales après le dépistage. Cependant, sa longueur de lecture courte pose des défis d'assemblage pour les longs inserts ou les régions répétitives.
• PacBio SMRT & Oxford Nanopore (Long-Read) : Générer des lectures exceptionnellement longues (échelle de kb à Mb), permettant de couvrir des insertions entières ainsi que des régions flanquantes. Cette capacité simplifie considérablement l'analyse des données et améliore significativement la capture des séquences complètes de gènes de fusion. Notamment, la plateforme Oxford Nanopore séquence directement l'ADN simple brin natif, un avantage crucial pour les bibliothèques de phages M13.

Avantages des plateformes de longs articles

• PacBio SMRT : Les longues lectures permettent une caractérisation précise sur des séquences étendues, des répétitions et des variations structurelles, offrant une précision supérieure pour les fusions géniques complexes.
• Oxford Nanopore : Le séquençage direct de l'ADN simple brin contourne les artefacts PCR. Associé à un débit élevé, des longueurs de lecture extrêmes et une simplicité opérationnelle, Nanopore est précieux pour l'analyse approfondie de bibliothèques diverses et les applications sur le terrain rapides, malgré la nécessité d'un traitement bioinformatique spécifique en raison de taux d'erreur bruts plus élevés.

Synergie : Intégration des technologies Sanger et NGS

Le séquençage Sanger et le séquençage de nouvelle génération (NGS) sont souvent utilisés de manière synergique. La précision pointue du Sanger valide des séquences spécifiques dans des bibliothèques plus petites ou des clones critiques. Le NGS facilite le dépistage à grande échelle des bibliothèques, l'analyse fonctionnelle et la caractérisation génomique complète.

• Exemple de flux de travail intégré :
  • L'analyse panoramique initiale des NGS fournit d'énormes ensembles de données pour l'évaluation globale de la bibliothèque.
  • Le séquençage Sanger valide les clones clés identifiés lors du dépistage.
  • L'NGS ciblé analyse des pools enrichis après le panning.
  • Le séquençage Sanger confirme en outre l'intégralité et la fidélité des séquences d'insertion cruciales.

Analyse des données fondamentales : Transformer des données brutes en connaissances biologiques

Un traitement des données efficace mais rigoureux est essentiel pour tirer des interprétations biologiques significatives :

1. Prétraitement des données et contrôle de la qualité

• Nettoyage : Supprimez les adaptateurs et les bases de faible qualité à l'aide d'outils comme Fastp ou Trimmomatic.
• Évaluation de la qualité : Évaluer les Q-scores, la teneur en GC, la distribution de la longueur des séquences et détecter d'éventuelles erreurs systématiques ou contaminations avec FASTQC.

2. Alignement et assemblage de séquences

• Alignement basé sur une référence : Cartographiez les lectures précisément sur la référence modifiée du vecteur M13 (sans segments de gènes cibles de type sauvage) en utilisant Bowtie2 ou BWA. Cela distingue le squelette du vecteur des insertions exogènes. Visualisez l'intégrité de l'alignement avec des outils comme IGV.
• Assemblage De Novo : Utilisez Spades ou Megahit pour de grands inserts ou des séquences nouvelles. Atténuez les erreurs d'assemblage dans les régions répétitives M13 (par exemple, les espaces intergéniques) en :
  • Identification des répétitions en tandem avec Tandem Repeat Finder (TRF).
  • Correction des chimères d'insertion-vector en utilisant des modules d'échafaudage comme MetaSPAdes.

3. Résolution de la séquence d'insertion : Fonction de décodage

• Extraction : Isoler précisément les séquences exogènes entre des coordonnées flanquantes définies identifiées lors de l'alignement.
• Traduction et annotation : Convertir des séquences d'ADN en séquences d'acides aminés. Prédire les domaines fonctionnels et les sites en utilisant les bases de données BLASTP, InterProScan et Pfam.

4. Chaînes d'outils d'analyse pour les applications clés

• Prédiction de domaine : Identifier les régions critiques (par exemple, les CDRs d'anticorps, les sites actifs des enzymes) en utilisant HMMER avec Pfam-A.
• Simulation de structure : Prédire les changements conformationnels dans les peptides/protéines affichés en utilisant AlphaFold2 ou RoseTTAFold.
• Analyse de l'évolution de l'affinité : Détecter les sites de sélection positive dans les clones enrichis après le panning via des calculs dN/dS (CODEML/PAML).
• Évaluation de la diversité : Quantifier la complexité des séquences, la distribution clonale et les variations de fréquence au sein des bibliothèques, essentiel pour identifier les clones à fort potentiel après le dépistage.

5. Intégrité des vecteurs et examen des variantes

• Variation structure : Vérifiez les suppressions prévues (par exemple, gIIIΔ1-406 dans pCOMB3) en confirmant une couverture nulle dans les régions cibles.
• Vérification de l'origine de réplication : Détecter les défauts d'emballage par des baisses abruptes de couverture à l'origine f1.
• Analyse de la couverture : Identifier les suppressions non intentionnelles (par exemple, des fragments de type sauvage résiduels) et exclure les mutations/troncations du vecteur.
• Dépistage de chimères : Détecter les fragments de vecteurs mal assemblés co-emballés au sein de particules de phages uniques.

6. Impact biologique de la détection du chimérisme

• Protéines à affichage tronqué : Identifier les recombinants d'insertion de vecteur provoquant des tronquements en utilisant des seuils d'alignement Blastn stricts (par exemple, couverture de requête <80%).
• Co-emballage polyclonal : Détection des faux positifs à l'aide des lectures PacBio HiFi démontrant des insertions doubles dans des particules uniques.

7. Convergence des technologies de pointe

(1) Apprentissage automatique pour la prédiction de fonctions

Entraînez des modèles LSTM bidirectionnels pour prédire les probabilités de liaison des peptides d'affichage à partir de données de séquence. Exemple d'architecture :

• une séquence de 15 acides aminés (code entier)
• Flux de traitement :
  • ID d'acide aminé → représentation vectorielle haute dimension (couche d'embedding)
  • Caractéristiques de séquence d'apprentissage bidirectionnel (LSTM capture les dépendances contextuelles)
  • valeur de probabilité unique (convertie en probabilité par Sigmoid)

Analyse de résolution à phage unique

Exploitez la microfluidique 10x Genomics : encapsulez des particules de phages individuelles dans des gouttelettes et analysez des séquences monoclonales à l'aide des pipelines Cell Ranger.

(3) Suivi de l'évolution dynamique

Reconstruire des arbres phylogénétiques clonaux (en utilisant PhyloPhlAn) pour retracer l'évolution des lignées à travers les cycles de dépistage.

Scénario d'application principal : moteur de découverte basé sur les données

Système de phages ingénierés pour cibler les pathogènes résistants

Pour lutter contre des agents pathogènes transmissibles difficiles à traiter, nous avons conçu le phage M13 comme un véhicule de livraison pour deux peptides fonctionnels :

• Peptide RGD : Améliore l'absorption cellulaire.
• Peptide membranaire dérivé de pathogène (PMPD) : Un fragment de la protéine membranaire de Chlamydia trachomatis (CT), conçu pour bloquer l'infection.

Résultats expérimentaux clés

Le phage modifié pénètre avec succès les barrières cellulaires, accédant aux corps d'inclusion où réside la CT de manière intracellulaire. Cette livraison ciblée réduit considérablement les taux d'infection par la CT dans les modèles cellulaires cervicaux.

Perspective Mécaniste

L'activité anti-infectieuse observée dépend de manière critique du peptide PMPD. Il est important de noter que cet effet protecteur ne peut pas être reproduit en utilisant des anticorps conventionnels.

Signification et application plus large

Ce travail établit une nouvelle stratégie pour atteindre une pénétration ciblée à travers les surfaces muqueuses et les biofilms. La plateforme basée sur les phages montre un potentiel d'adaptation contre d'autres agents pathogènes sexuellement transmissibles difficiles, y compris le VIH (Bhattarai SR et al., 2012).

Intervention et suivi AD

1. Fonctionnalité principale : Outil de détection ciblée

Ce système utilise des peptides spécialement conçus (par exemple, AB30-39) destinés à se lier directement aux petits oligomères Aβ. Ces oligomères solubles servent de marqueurs précoces pour la maladie d'Alzheimer (MA), mais il est notoirement difficile de les capturer au sein du tissu cérébral en utilisant des méthodes de détection conventionnelles.

Capacités révolutionnaires

• Détection précoce : L'outil identifie les agrégats d'Aβ dans l'hippocampe de souris transgéniques à des stades précédant la formation de plaques.
• Application des tissus humains : Cela représente la première détection réussie de structures homo-oligomériques spécifiques de l'Aβ dans des échantillons de tissu cérébral post-mortem de patients atteints de la maladie d'Alzheimer.

Extension de diagnostic

La recherche actuelle utilise cette plateforme pour étudier les corrélations potentielles entre les niveaux quantifiés d'oligomères Aβ et la progression du déclin cognitif dans la maladie d'Alzheimer.

Exploration thérapeutique

Capitalisant sur la capacité inhérente de l'outil à pénétrer la barrière hémato-encéphalique et sa faible immunogénicité, le développement de thérapies ciblées in vivo est en cours. Notamment, le peptide AB30-39 démontre une efficacité supérieure dans l'inhibition de l'agrégation de l'Aβ par rapport à l'AB33-42, soulignant son potentiel thérapeutique (Azeredo J et al., 2024).

Association directe génotype-phénotype

Construction de vecteurs

Des échantillons d'ADN génomique ou métagénomique ont été fragmentés puis clonés dans le vecteur de phage M13.

Mécanisme d'affichage des protéines

Les fragments d'ADN au sein du vecteur entraînent l'expression des fragments protéiques correspondants. Ces peptides sont affichés à la surface du phage, tandis que leurs fragments de gènes codants sont co-emballés à l'intérieur de la particule de phage.

Mécanisme d'enrichissement ORF

Un phage auxiliaire déficient en pIII (M13KO7ΔPIII) permet la propagation sélective de clones contenant des Cadres de Lecture Ouverts (CLO) complets (Heine PA et al., 2023).

Découverte de cibles vaccinales : Stratégie technique

Une bibliothèque d'oligopeptides dérivée de l'ARNm des glandes salivaires de tiques (collecté 18 heures après l'alimentation des nymphe) a été construite pour le criblage par affichage de phages. Méthodologiquement, cette étude a été pionnière dans l'utilisation de sérum immunitaire humain comme sonde de criblage - s'éloignant des sérums animaux - afin de mieux reproduire les réponses immunitaires humaines authentiques. Les cibles candidates ont été validées par l'expression de protéines recombinantes et ELISA.

Résultats clés : Caractérisation de la protéine cible

• Métalloprotéinase MP1 :
  • Présente une immunogénicité puissante, comme en témoigne l'hyperréactivité aux anticorps sériques humains (confirmant les hypothèses de la littérature antérieure).
  • Démontre une forte conservation de séquence (84 % d'homologie) avec les orthologues d'Ixodes pacificus et d'Ixodes ricinus.
  • Montre un potentiel vaccinal significatif : des études sur des animaux ont confirmé une réduction de la survie des tiques confrontées à sa protéine homologue.
• Dabigatran :
  • L'immunogénicité n'a pas pu être confirmée en raison d'un échec de l'expression recombinante.
  • Impliqué fonctionnellement dans la perturbation de l'homéostasie de l'hôte et des réponses inflammatoires.
  • Protéines intracellulaires : Révéler un nouveau mécanisme : la fuite post-mortem cellulaire peut induire une inflammation localisée, contrecarrant potentiellement les tactiques immunosuppressives des tiques.

Percées fondamentales

• La valeur multifacette de MP1 :
  • Potentiel inter-espèces : La conservation des vecteurs de tiques clés permet un ciblage large, en particulier des domaines fonctionnels (régions riches en zinc et en cystéine).
  • Mécanisme double : La liaison des anticorps inhibe la fonction enzymatique, perturbant simultanément l'alimentation sanguine et bloquant la transmission des pathogènes.
• Innovation méthodologique : Le dépistage basé sur le sérum humain a réussi à identifier pour la première fois des épitopes de tiques spécifiques à l'homme, informant directement la conception de vaccins (Becker M et al., 2015).

Pour plus d'informations sur ce qu'est le séquençage des phages, voir "Qu'est-ce que le séquençage de phages ? Un guide complet pour les chercheurs.

D'autres méthodes de séquençage NGS de phages sont disponibles pour référence.Séquençage de nouvelle génération pour l'analyse des phages : une approche moderne.

Les gens demandent aussi

Pourquoi le bactériophage M13 est-il utile en tant que vecteur de séquençage ?

M13 est le vecteur de choix pour le séquençage par didésoxy pour deux raisons principales. Tout d'abord, les bactériophages M13 sont conditionnés en brins simples d'ADN, qui sont extrudés des cellules d'Escherichia coli infectées dans le milieu de culture environnant.

M13 est lysogène.

De plus, le système de phage M13 a montré qu'il s'agissait d'un processus sûr et stable en raison de ses propriétés lysogènes et de sa structure robuste.

Quels sont les avantages du vecteur M13 ?

L'avantage majeur de l'utilisation de M13 pour le clonage est que les particules de phage libérées par les cellules infectées contiennent de l'ADN simple brin qui est homologue à seulement un des deux brins complémentaires de l'ADN cloné, et par conséquent, il peut être utilisé comme modèle pour l'analyse de séquençage de l'ADN.

Quelle est la différence entre le phage lambda et le phage M13 ?

Le phage λ est un phage tempéré qui infecte E. coli et possède un génome d'ADN linéaire à double brin. Son génome est organisé en régions qui codent pour des protéines de la tête du phage, de la queue et des fonctions de lysogénie/lyse. M13 est un phage filamenteux avec un génome circulaire à simple brin.

Références :

1. Moon JS, Choi EJ, Jeong NN, Sohn JR, Han DW, Oh JW. "Progrès de la recherche sur les biosenseurs à base de bactériophage M13." Nanomatériaux (Bâle). 2019 11 oct;9(10):1448. doi : 10.3390/nano9101448
2. Wang R, Li HD, Cao Y, Wang ZY, Yang T, Wang JH. "Phage M13 : un élément de construction polyvalent pour une plateforme d'analyse hautement spécifique." Analytique Bioanalytique Chimie. Juil 2023;415(18):3927-3944. doi: 10.1007/s00216-023-04606-w
3. Allen GL, Grahn AK, Kourentzi K, Willson RC, Waldrop S, Guo J, Kay BK. "Élargir la diversité chimique du bactériophage M13." Front Microbiol. 2022 8 août ;13:961093. doi : 10.3389/fmicb.2022.961093
4. Bhattarai SR, Yoo SY, Lee SW, Dean D. "Matériaux thérapeutiques basés sur des phages conçus inhibent l'infection intracellulaire par Chlamydia trachomatis." Biomatériaux. Juil 2012;33(20):5166-74. doi: 10.1016/j.biomaterials.2012.03.054
5. Martins IM, Lima A, de Graaff W, Cristóvão JS, Brosens N, Aronica E, Kluskens LD, Gomes CM, Azeredo J, Kessels HW. "Phage M13 greffé avec des motifs peptidiques comme outil pour détecter les oligomères d'amyloïde-β dans le tissu cérébral." Biologie Communale. 27 janvier 2024 ; 7(1) : 134. doi : 10.1038/s42003-024-05806-5
6. Heine PA, Ballmann R, Thevarajah P, Russo G, Moreira GMSG, Hust M. "Découverte de biomarqueurs par affichage de phages ORFeome." Méthodes Mol Biol. 2023;2702:543-561. doi: 10.1007/978-1-0716-3381-6_27
7. Becker M, Felsberger A, Frenzel A, Shattuck WM, Dyer M, Kügler J, Zantow J, Mather TN, Hust M. "Application de l'affichage de phages M13 pour identifier des protéines immunogènes de la salive de tiques (Ixodes scapularis)." BMC Biotechnologie2015 mai 30;15:43. doi : 10.1186/s12896-015-0167-3