Aperçu du séquençage par capture de méthylation de l'ADN

Méthylation de l'ADN et sites CpG

Méthylation de l'ADN se présente comme un domaine d'investigation majeur dans le domaine de l'épigénétique. Ce phénomène implique la conversion de la cytosine à l'extrémité 5' des dinucléotides au sein des îlots CpG des séquences d'ADN génomique en 5' méthylcytosine (5mC), facilité par l'activité enzymatique de la méthyltransférase de l'ADN (DNMT). Cette modification n'induit pas de changements dans les séquences génétiques ; cependant, elle exerce une influence régulatrice sur l'expression des gènes, façonnant ainsi les fonctions biologiques.

Les caractéristiques distinctives de la méthylation de l'ADN impliquent la méthylation sélective de la cytosine, un processus qui est réversible par nature. Dans les génomes des mammifères, Méthylation de l'ADN est particulièrement répandu aux sites CpG, où les résidus de cytosine sont ciblés. Ces sites CpG présentent une nature duale : ils sont dispersés dans la séquence génomique, avec environ 70-80 % subissant une méthylation, et ils peuvent également se regrouper pour former des régions hautement concentrées appelées îlots CpG. Cette interaction complexe des dynamiques de méthylation aux sites CpG dispersés et agrégés joue un rôle crucial dans la régulation de l'expression génique, influençant diverses fonctions biologiques sans altérer le code génétique sous-jacent.

Séquençage par capture de méthylation de l'ADN

Faire progresser le domaine de Séquençage de la méthylation de l'ADNles scientifiques ont intégré de manière transparente la technologie de séquençage de nouvelle génération. Cette approche innovante représente un saut significatif par rapport à la plateforme de séquençage Sanger, offrant aux clients une solution sur mesure marquée par un débit et une efficacité accrus. Tirant parti de la conversion au bisulfite et plateforme NGSnotre technologie de séquençage par capture d'amplicons et de sondes, permet la détection de sites de méthylation spécifiques après capture. Cette méthode de séquençage ciblé, basée sur la conversion par bisulfite, s'avère polyvalente pour des échantillons biologiques provenant de diverses espèces. De plus, le service de séquençage basé sur le NGS assure une résolution à base unique, permettant l'identification précise de la C-méthylation dans chaque molécule d'ADN. Ce niveau de résolution permet une analyse des mutations précise et une quantification numérique du pourcentage de molécules d'ADN méthylées, mettant en avant un avantage distinct dans l'atteinte d'une haute précision de détection.

Types de séquençage par capture de méthylation de l'ADN

• Stratégie de PCR multiplexe

Le programme utilise une stratégie de PCR multiplex avec des amorces bis-spécifiques méthylées. Les bibliothèques amplifiées ciblées subissent un séquençage via un processus de PCR multiplex spécifique avec des amorces méthylées. Cette approche utilise plusieurs paires d'amorces spécifiques à la séquence converties par bisulfite pour amplifier la région cible de l'ADN, suivie de séquençage de nouvelle génération (NGS).

Avantages : Cette méthode permet une analyse rapide et précise du statut de méthylation sur plusieurs ou des dizaines de régions cibles, atteignant une résolution à un seul nucléotide. Le calcul précis de la proportion de molécules d'ADN méthylées renforce les atouts du programme.

• Stratégie semi-bibliothèque

Cette approche innovante permet le séquençage ciblé des régions méthylées grâce à de multiples extensions de primers spécifiques. En s'appuyant sur une semi-bibliothèque et une technologie d'enrichissement par extension de primers spécifiques, les utilisateurs acquièrent la capacité de séquencer des régions spécifiques, améliorant ainsi de manière significative séquençage profondeur et débit d'échantillonnage tout en minimisant les coûts.

Avantages : La méthode offre un débit élevé, permettant une analyse rapide et précise de la résolution à un seul nucléotide de l'état de méthylation à travers des dizaines et des centaines de régions cibles. Les utilisateurs peuvent également obtenir des calculs précis de la proportion de molécules d'ADN méthylées, renforçant ainsi les avantages de la technologie.

• Séquençage par capture d'hybridation à base de sondes

Le séquençage de bibliothèque ciblé est réalisé par la capture par hybridation de séquences cibles spécifiques en utilisant un pool de sondes conçues pour des séquences de bisulfite méthylées. Cette méthode implique la pré-amplification de séquences transformées par bisulfite, suivie de la capture du modèle d'ADN cible par hybridation avec une sonde biotine. Par la suite, les séquences marquées à la biotine sont immobilisées sur des billes magnétiques et soumises au séquençage via séquençage de nouvelle génération (ANG).

Avantages : Cette approche offre un débit plus élevé, facilitant l'analyse rapide du statut de méthylation à travers des centaines ou des milliers de régions cibles avec une résolution à base unique. La méthode excelle dans le calcul précis du contenu des molécules d'ADN méthylées, soulignant son efficacité et sa précision.